Didžiojo altoriaus paveikslas „Šv. apaštalai Pilypas, Jokūbas Vyresnysis ir Jokūbas Jaunesnysis“ yra pagrindinis bažnyčios meninis ir dvasinis akcentas. Jame vaizduojami šventovės globėjai – apaštalai, pašaukti skelbti Evangeliją ir liudyti Kristų iki kankinystės. Paveiksle iš kairės vaizduojami: šv. apaštalas Pilypas, greta jo – šv. Jokūbas Vyresnysis ir šv. Jokūbas Jaunesnysis. Šių trijų apaštalų atvaizdai primena bažnyčios titulą ir jos globėjus, kurių gyvenimas tapo ištikimybės Kristui bei Evangelijos skelbimo pavyzdžiu.
Į Lukiškių bažnyčią paveikslas atkeliavo 1903 m., tačiau sovietmečiu, uždarius šventovę ir pavertus ją sandėliu, buvo smarkiai apgadintas. Po kruopščios restauracijos ir ilgų metų muziejaus saugyklose kūrinys sugrįžo į savo istorinę vietą.
Paveikslo autorius – vienas žymiausių XIX a. Lietuvos tapytojų Vincentas Slendzinskis (1838–1909) .
Brandžiame kūrinyje jis apaštalus vaizduoja ne kaip legendų herojus, bet kaip tikrus žmones, kurių ramybė, orumas ir tvirtas tikėjimas kviečia žiūrovą apmąstyti savo pašaukimą ir santykį su Dievu.